甲基化敏感扩增多态性，它是在扩增片段长度多态性技术的基础上建立起来的。MSAP技术相对其他测定DNA甲基化程度技术有如下优点：（1）不需知道被测DNA的序列信息，在不同生物上具有通用性，可用于DNA序列背景知识未知的生物。（2）操作相对简便，在AFLP技术体系的基础上不需要太大改进，即可操作。（3）可在全基因组范围检测CCGG位点的胞嘧啶甲基化变化。MSAP技术的局限性在于不能完成非CCGG位点的胞嘧啶甲基化。
MSAP的选择扩增产物目前主要通过两种方法进行分离检测，传统的聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）的方法和自动化程度较高的毛细管凝胶电泳（FISH）进行检测。
PAGE方法主要是优点是引物可以是普通引物，适用于少量样本或者大量样本的引物筛选比较合适，另外还可以对差异条带进行克隆测序，获得差异条带的序列信息。
毛细管电泳检测方法的优点是自动化，可以对大量样本进行实验，速度快，后期的条带读取可以依靠软件，降低了人为读取的标准不一。
1）MSAP服务内容
1 样本基因组DNA的提取
2 筛选多态性较好的引物（酶切，预扩，选择性扩增）
3-1 在ABI3730xl测序仪上完成数据采集
3-2 或是在JY-CX2B型 测序电泳槽上完成PAGE 检测（可以回收差异带）
数据分析：和客户详细沟通，确认分析方案：读取01矩阵，PAGE胶建议客户自己读取；
2）客户提供：
★　基因组DNA：
●至少15μL样品，浓度为50-100ng/μL；
●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带，没有降解；
●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化；
●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里；
●DNA溶解后，肉眼看不到杂色；
★ 植物材料： 新鲜组织，叶片采用硅胶干燥后或干冰运输；
★ 动物材料： 新鲜组织，无水乙醇封存低温运输；
3）试验费用：
MSAP 按照96个样本进行随机8对引物计算，提供01矩阵；
单价 数量 合计
DNA提取 30 96 2880
引物 300 0 0
酶切 40 192 7680
预扩 10 192 1920
选择性扩增 5 1536 7680
毛细管检测 800 16 12800
分析 2000 1 2000
29888
MSAP 按照25个样本进行随机8对引物计算，提供PAGE胶图
单价 数量 合计
DNA提取 30 25 750
纯化 10 25 250
酶切 40 50 2000
预扩 10 50 500
选择性扩增 5 400 2000
PAGE检测 800 8 6400
分析 2000 1 2000
13900




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